《山海经》记载，杻阳山的山谷中汩汩流出一条小溪，汇聚成河，名为怪水。怪水中生玄龟，周身通黑，鸟兽蛇尾，象齿龟背。《太玄宝典》有载，玄龟生于沧海，口吐真气，真气化成神水，神水生成肾脏。
而肾气是人体的先天之气，后天之本。肾脏也是其他身体器官生成的基础，肾气生肾脏，肾脏生肾气，肾气生肝气，肝气生心火，心火生脾胃，脾胃之气生肺气，肺气再生肾气，完成人体的气机循环。按照这种说法，人体器官就是神龟口中的真气所生。这看似离奇，也并非毫无根据。根据传统阴阳五行的理论，肾属水，真气属金，金生水。龟为水兽，理应属水，肾脏为玄龟真气所生也并非全无道理。
而玄龟也并非子虚乌有的“神话”，而是现实中存在的，只是现在还没有找到鸟头蛇尾的罢了。在体征上，玄龟和巴西鳄龟的特征十分相像。
《山海经》又说玄龟的声音如同劈柴声，“可以为底”很多学者都同意郭璞的说法，把“底”翻译成“躏”也就是鞋子的意思，这样是很难理解的。现代神话大师袁珂则将它译为“胝”意为脚跟上的脚茧，这也同样令人匪夷所思。
其实“底”还有根基的意思，可以引申为奠基。这在旧中国很常见，很多老房子的柱石底下都垫着一只乌龟，有个专业的名词叫赑屃（bixi），一般是指石碑底下驮着碑石的乌龟。山海经中说佩戴乌龟可以让耳朵聪慧，听力不会迟钝。这应该也是从肾脏五行属水中延伸出来的联想。肾脏属水，开窍于耳，乌龟是水兽，所以对耳朵有好处。
玄龟尽管和“四方神”“四灵兽”之一的玄武相比，没有那么的神通广大，好像是个不起眼的角色，但同普通的动物相比，它的灵性可是顶级的。传说玄龟因为寿命很长，久而久之就可以神通天地，作为人间和天神的灵性媒介，传达上天的旨意。所以古代人要用乌龟来占卜。龟甲上的纹理是天地气机氤氲的产物，故而可以沟通天地，连通人天。
我们可以想象，鹿蜀生活在杻阳山上，而玄龟就生在山谷中的怪水里，鹿蜀叫声如人在唱民谣，玄龟的嘶鸣如伐木，两者遥相呼应，此起彼伏，就像是一个杻阳山神组建起来的“天籁乐团”，玄龟击节，鹿蜀吟唱，真是琴瑟相鸣，好不默契。
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