地理部分依谭其骧和卫挺生、徐圣谟教授的解释和近代地图所列地名；
植物和树木主要根据陈嵘教授《中国树木分类学》、中国科学院植物研究所《中国高等植物图鉴》和《中国植物志》、江苏新医学院《中药大辞典等》；
动物和昆虫等主要依据郑作新、钱燕文、高耀亭的《中国脊椎动物学》、《中国鸟类分布名录》和多位学者合著的《中国动物志》、《经济动物志》、《动物图谱》、《鸟类图谱》等，以及管致和与周尧的《农业昆虫学》等；
矿物和金属名称考证依据中国地质学家章鸿钊教授的《石雅》一书和《中国大百科全书》等；
书中提及的章鸿钊《石雅》
根据郭郛书中说法，“全书记录大型动物种，植物树木种，菌类4-5种，动物化石类3种”。其中“大型动物”的说法，固然包括了象、犀、兕、牛、马、鹿、牦牛、羚牛、野猪、虎、豹、豺、狼、熊、罴等大型动物，应当也包括了鼠、兔类的小型动物，甚至连鸟类、鱼类、爬行类、两栖类等都包括了，否则何来种之多？植物
种植物包括草、竹、木、菌类，其中植物药52种。
书中对于药效的解释多少显得神秘，这是最早的中药知识，显得粗浅、神秘甚至荒诞都是可以理解的。
农作物，书中称为家化植物，包括后代的“五谷”粟、黍、稻、秫、菽，前文祭祀文化研究中提到了前四种，菽就是大豆，是没有在祭品中出现的。
动物（尤其“怪兽”）
《山海经》里的动物包括虫鱼鸟兽，有些是普通平常的，有通用名称，全书26列山系座山峰，大多都有个性化名称的动物，或为虫，或为鱼，或为奇鸟，或为怪兽。
《山海经》里并未直接称为“怪兽”的很多动物，有具体的名称与特征，这些名称后世无闻，因而被好奇好事者也称为“怪兽”。
“南山经”第4山猨翼之山，多怪兽、怪鱼、怪蛇、怪木。
郭璞注云：凡言怪者，皆谓状貌倔奇不常也。《尸子》曰：徐偃王好怪，没深水而得怪鱼，入深山而得怪兽者，多列于庭。
可见像徐偃王这样的好怪者也是古已有之。古代因为科学落后，认识有限，情有可原。
随着近现代科学观念的普及，当今一些年轻人还醉心于书中“怪兽”，就有些让人难以理解了。通过动物学家郭郛的《山海经注证》一书，还有和李约瑟合著的《中国古代动物学史》，我们知道这种痴迷主要还是因为少见多怪，哪里有什么怪兽。他在书中基本上都一一对应地指明了。详见插图目录名称。当然有些动物早已灭绝，个别动物他的研究考证可能也不准确，但是绝大部分动物，在他的书里都讲得很清楚了。该书插图很多，仅“山经”部分的插图目录就达7页之多，里面几乎罗列了书中所有动物。当然个别结论笔者不能苟同，比如笔者详细讨论过的能传播瘟疫的“絜钩”是鼠尾蝙蝠，而该书认为是啄木鸟。《山海经》里的植物药、动物药与动物活动预兆
《山海经》不愧为中国博物学开山之作，其中对物质世界的记录、分类和认识已经达到了相当高的水平，成为古代博物学的奠基之作。“山经”中记录动物药67种，植物药52种，连同其他药物种。
植物药和动物药是长期尝试、观察、检验的结果，有些证明是有疗效的，是后世中医药著作诸如各种“本草经”、“千金方”的来源。当然因为是古代早期的探索，对药材的副作用甚至毒性没有科学的认识，所以今人不能完全迷信书中所言，而是要用批判继承的态度和方法面对。即承认这种古代文明结晶的价值和意义，又对其历史局限性和经验主义具有清醒的客观认识。
书中的很多有关动物的预兆说明古人注意到了动物活动与自然环境甚至社会环境变化之间存在某种联系，然而并非书中一般总结的因果关系，有些恰恰是颠倒了因果关系。比如“西山经”的肥“见则天下大旱”，其实是“天下大旱则见”。并不是这种动物出现导致了天下大旱，而是天下大旱的时候这种动物不能在原来栖息地安生，只好闯入人类居住地而已。当然，如“东次二经”的“絜钩”即鼠尾蝙蝠，“见则其国大疫”，则是代价惨痛的经验之谈，就是说蝙蝠能传播瘟疫。东次二经絜钩即鼠尾蝙蝠可以传播疫病
所以对于书中记录的种种动物活动预兆，不能一概迷信。其实现在我们都知道，大地震之前一般都有动物活动的预兆，这么重要的预兆，《山海经》里却没有提到，说明当时地震尚未引起人们的